本所開設選修科目主要目的在增加學生資訊領域的深度與廣度。共分三個範圍：理論方面課程（常微分方程、偏微分方程與應用、最優化理論與數學建模導論等）、程式設計與方法課程（數值方法與應用、數值微分方程、科學計算等）以及人工智慧與應用課程(機器學習、深度學習、自駕車機器學習等)。

        因資訊業需要許多軟體工程師，他們需要優良的程式撰寫能力及發展新的演算法，而本所的理論及程式設計與方法的課程，皆是培育此方面的人才。另外，前沿的半導體製程及製程優化，除了需要電腦模擬，也需機器學習方面的知識，本所的程式設計與人工智慧領域課程，皆有密切的關聯。

畢業前除必修課程外，必須完成指定選修課程的規定。指定選修課程如下:

下列六門科目中至少修四門科目

a. 數值方法與應用(3學分)

b. 機器學習(3學分)

c. 最優化理論 (3學分)

d. 數學建模與分析(3學分)

e. 常微方程與應用 (3學分)

f. 偏微方程與應用(3學分)